EclipseでImageJのPlugin作成 -ROI付き画像を名前をつけて保存する (Save images with ROI) -
今回は、ROIを置いた位置が分かるように、ROI付き画像に名前をつけて保存する方法を書いた。(ROIの位置確認用)
ImagePlus上のROIをBufferedImage上に移してBufferedImageを保存するという、かなりトリッキーなことをしたが、自分の目的に適っているので良しとした。
ソースコードは下記。
import java.awt.BasicStroke;
import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Color;
import java.awt.FileDialog;
import java.awt.Frame;
import java.awt.Graphics;
import java.awt.Graphics2D;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.awt.event.MouseEvent;
import java.awt.event.MouseListener;
import java.awt.event.MouseMotionListener;
import java.awt.geom.Ellipse2D;
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import javax.imageio.ImageIO;
import javax.swing.JButton;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JPanel;
import ij.IJ;
import ij.ImagePlus;
import ij.gui.ImageCanvas;
import ij.gui.OvalRoi;
import ij.io.OpenDialog;
import ij.plugin.PlugIn;
import ij.plugin.frame.RoiManager;
import ij.process.ImageProcessor;
public class ROI_Save implements PlugIn, MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener {
BufferedImage bim;
JFrame imgFrame;
MyPanel mypane; //BufferedImageを貼り付ける用のJPanel
ImagePlus imp;
ImageCanvas ic;
ImageProcessor ip;
Graphics2D g2;
RoiManager rm;
int x, y, h, w;
int counter = 1; //ROIの個数をカウントする用
BasicStroke bs;
//画像を開く
public void openFile () {
OpenDialog od = new OpenDialog("Select");
String directory = od.getDirectory();
String name = od.getFileName();
String path = directory + name;
imp = IJ.openImage(path);
imp.show();
h = imp.getHeight();
w = imp.getWidth();
ic = imp.getCanvas(); //ImageCanvasにImageを渡す
ic.addMouseListener(this);
ic.addMouseMotionListener(this);
//ROIを表示できる様にRoiManagerを立ち上げる
rm = new RoiManager();
rm.runCommand(imp, "Show All");
rm.runCommand(imp, "Show All with labels");
//ImagePlusをBufferedImageに渡す
bim = imp.getBufferedImage();
//BufferedImageの画像を添付する用のJFrameの作成
imgFrame = new JFrame ("Pic Test");
imgFrame.setBounds(300, 300, w, h);
imgFrame.setVisible(true);
mypane = new MyPanel(w, h);
imgFrame.getContentPane().add(mypane, BorderLayout.CENTER);
}
//BufferedImageの方にROIを置く
public void drawRoi () {
g2.draw(new Ellipse2D.Double(x-10, y-10, 20, 20));
//ROIに番号をつける
g2.drawString(String.valueOf(counter), x-3, y+3);
}
//出力画像の名前書き
String writeFile () {
FileDialog fd = new FileDialog (new Frame (), "保存", FileDialog.SAVE);
fd.setVisible(true);
String fullpath = fd.getDirectory() + fd.getFile();
fd.dispose();
return fullpath;
}
//保存ダイアログを使用して保存
public void saveFile () {
try {
FileOutputStream fo = new FileOutputStream (this.writeFile());
ImageIO.write(bim, "png", fo);
} catch (IOException ex) {
System.out.println("Miss");
}
}
public class MyPanel extends JPanel {
public MyPanel (int width, int height) {
setSize (width, height);
}
public void paintComponent (Graphics g) {
g.drawImage(bim, 0, 0, this);
g2 = (Graphics2D)g;
g2 = (Graphics2D) mypane.getGraphics();
g2 = bim.createGraphics();
bs = new BasicStroke(1.0f); //線の太さを決める
g2.setPaint(Color.red);
g2.setStroke(bs);
}
}
@Override
public void actionPerformed(ActionEvent e) {
String cmd = e.getActionCommand();
if (cmd.equals("Open")) {
openFile();
} else if (cmd.equals("Save")) {
saveFile();
}
}
public void run (String arg) {
JFrame frame = new JFrame ("Controller");
frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
frame.setBounds(10, 10, 200, 100);
frame.setVisible(true);
JButton openButton = new JButton ("Open");
JButton saveButton = new JButton ("Save");
openButton.addActionListener(this);
saveButton.addActionListener(this);
openButton.setActionCommand("Open");
saveButton.setActionCommand("Save");
openButton.setBounds(40, 10, 90, 30);
saveButton.setBounds(40, 50, 90, 30);
JPanel pane = new JPanel();
pane.setLayout(null);
pane.add(openButton);
pane.add(saveButton);
frame.getContentPane().add(pane, BorderLayout.CENTER);
}
@Override
public void mouseClicked(MouseEvent e) {
//ImagePlus上でマウスがクリックされた場所の座標の取得
x = ic.offScreenX(e.getX());
y = ic.offScreenY(e.getY());
//クリックされた場所を中心とした円を描き、RoiManagerに加える
imp.setRoi(new OvalRoi(x-10, y-10, 20, 20));
rm.addRoi(imp.getRoi());
//BufferedImageにROIをつける
drawRoi ();
counter++;
}
@Override
public void mousePressed(MouseEvent e) {
}
@Override
public void mouseReleased(MouseEvent e) {
}
@Override
public void mouseEntered(MouseEvent e) {
}
@Override
public void mouseExited(MouseEvent e) {
}
@Override
public void mouseDragged(MouseEvent e) {
}
@Override
public void mouseMoved(MouseEvent e) {
}
}これを実行すると、
のウインドウが立ち上がり、
"Open"ボタンを押すと、ダイアログが現れ、画像ファイルを選択できる。ここでは、またImageJにある"Clown"の画像を選択した。
画像を選択すると、上のように同じ画像が2つ現れる。１つはImagePlus、もう１つがBufferedImage(Pic Testのウインドウのもの)。また、ROIの位置を画像に表示させたままにするために、RoiManagerも立ち上がるようにした。
ImagePlus上に、下のように適当にROIを置き、(注：この段階ではBufferedImageの方には何故かROIは付かない。原因不明)
"Controller"ウインドウの"Save"ボタンを押すと、下のように保存用のダイアログが立ち上がり、BufferedImageの画像を保存できる (注：拡張子もつけないとダメ)。
保存した画像が下。
これで、とりあえずROI付きの画像を保存でき、解析したDataのどこにROIを置いたのかを後で確認できるようになった。
いくつかコードを見ていく。
本当はROIを置いた状態のImagePlusをそのまま保存したかったのだが、色々調べても分からなかったため、以前の記事ウインドウサイズを変えても、描画が消えない方法 - 生物屋さんのためのゼロからのプログラミングでGraphics2Dで描画した画像を保存する方法を書いたので、今回はそれを利用することにした。
//ImagePlusをBufferedImageに渡す
bim = imp.getBufferedImage();そのため、上の部分でImagePlusをBufferedImageに渡して、BufferedImage上にROIを転写することにした。
下記の部分で、BufferedImage上にGraphics2Dを使ってROIを描けるようにした。
public class MyPanel extends JPanel {
public MyPanel (int width, int height) {
setSize (width, height);
}
public void paintComponent (Graphics g) {
g.drawImage(bim, 0, 0, this);
g2 = (Graphics2D)g;
g2 = (Graphics2D) mypane.getGraphics();
g2 = bim.createGraphics();
bs = new BasicStroke(1.0f); //線の太さを決める
g2.setPaint(Color.red);
g2.setStroke(bs);
}
}そして、ImageCanvas上のマウスをクリックした場所と同じBufferedImage上の場所にROIを置くのが下記。(ついでに、ImageCanvas上と同様にラベルをつけるようにもした)
//BufferedImageの方にROIを
public void drawRoi () {
g2.draw(new Ellipse2D.Double(x-10, y-10, 20, 20));
//ROIに番号をつける
g2.drawString(String.valueOf(counter), x-3, y+3);
}この
g2.draw(new Ellipse2D.Double(x-10, y-10, 20, 20));
の使い方は、ImagePlus上にROIを置く下記の使い方
imp.setRoi(new OvalRoi(x-10, y-10, 20, 20));
と同じである。
