Pythonの練習第３弾。今回はJavaでJFileChooserで画像を開き、名前を付けて画像を保存する。 - 生物屋さんのためのゼロからのプログラミングの内容に近いことのPython版。ソースコードは下記。 import tkinter as tk import tkinter.filedialog as tf from P…

Pythonの練習第２弾。今回は、かなり昔の記事エクセルからデータを読み込み、Peakを検出しエクセルに出力する - 生物屋さんのためのゼロからのプログラミングをPythonを使って書いてみた。ただし、今回はエクセルのデータの読み込みと書き出しのみを行った。…

「バイオインフォマティックス屋さんがすなるPythonといふものを、生物屋さんもしてみむとてするなり。」と言うわけではないが、機械学習をやってみたいので、Pythonも勉強することにした。とりあえず、Pythonの練習材料として、今までJavaで書いていたもの…

前回は、モンテカルロ法による分子拡散のシミュレーションを書いたので EclipseでImageJのPlugin作成 -拡散シミュレーション(ランダムウォーク)- - 生物屋さんのためのゼロからのプログラミング、今回は、２次元拡散方程式のシミュレーションを行ってみた。 …

ImageJ(Fiji)には、"Time Stamper"というプラグインが内臓されているが、この"Time Stamper"を実行すると、 IJ.run(imp, "Time Stamper", "starting=0 interval=1 x=2 y=15 font=12 decimal=0 anti-aliased or=sec");のようになり、Javaなどで作成するプラグ…

今回は、数値データをグラフ化するプラグインを書いた。コードは下記。 import java.awt.BorderLayout; import java.awt.Dimension; import java.awt.Graphics; import java.awt.Graphics2D; import java.awt.Toolkit; import java.awt.event.ActionEvent; i…

今回は粒子の拡散シミュレーションを行うImageJのPluginを書いてみた。コードは下記。 import java.awt.BorderLayout; import java.awt.FileDialog; import java.awt.Frame; import java.awt.event.ActionEvent; import java.awt.event.ActionListener; impo…

今回は、数値から画像データを作る。但し、僕がざっくり調べた感じでは、何もない状態からでは数値から画像データを作れなかったので、 ここでは、既存の画像ファイルの数値を入れ替える方法で、数値から画像データを作ることにした。コードは下記。 import …

以前の記事画像を“名前を付けて保存する”。 - 生物屋さんのためのゼロからのプログラミングを少し変えて、同じ名前で拡張子の異なる画像を保存するコードを書いた。コードは下記。 import java.awt.BorderLayout; import java.awt.FileDialog; import java.a…

今回は、ROIを置いた位置が分かるように、ROI付き画像に名前をつけて保存する方法を書いた。(ROIの位置確認用) ImagePlus上のROIをBufferedImage上に移してBufferedImageを保存するという、かなりトリッキーなことをしたが、自分の目的に適っているので良し…

ここでは、前回の記事 EclipseでImageJのPlugin作成 -マウスでクリックした場所にOval ROIを描く- - 生物屋さんのためのゼロからのプログラミング を発展させて、stack画像にOval ROIを描いて、その測定値(ここではMeanのみ)をエクセルに書き出すプラグイン…

ここでは、ダイアログを使って画像を開き、画像のマウスをクリックした場所にOval ROIを描くプラグイン: ROI_Maker を作った。ソースコードは下記。 import java.awt.BorderLayout; import java.awt.event.ActionEvent; import java.awt.event.ActionListene…